Questa tecnica consiste nell'esecuzione di una ecografia delle strutture interne attraverso la parete intestinale, utilizzando degli strumenti endoscopici dotati di sonde ecografiche all'estremità o utilizzando delle speciali sonde ultrasottili inserite all'interno dei comuni endoscopi.

L'ecoendoscopia consente la definizione diagnostica di lesioni di qualsiasi natura site sia all'interno della parete gastrointestinale che nelle strutture adiacenti, consentendo l'effettuazione di prelievi di tessuto per l'esame istologico.

L'ecoendoscopia presenta molteplici indicazioni:
diagnosi e stadiazione delle neoplasie: mediastiniche, gastriche, pancreatiche, rettali, biopsie di lesioni sospette o lesioni secondarie di origine non definita.

Terapia del dolore di origine pancreatica mediante alcolizzazione del plesso celiaco: si tratta di una metodica che consente l'iniezione diretta a livello del plesso celiaco di sostanze in grado di bloccare la recezione del dolore.

È indicata nei casi di tumore pancreatico o pancreatite cronica non rispondenti alla terapia medica.

Aspirazione di pseudocisti pancreatiche per via transgastrica o transduodenale sotto guida ecoendoscopica.