In ISMETT l’attività clinica è organizzata per Dipartimenti.

Sono 5 quelli attivi a cui afferiscono le relative Unità Operative:

• Dipartimento di Anestesia e terapia intensiva.  Direttore Antonio Arcadipane
• Dipartimento per la diagnosi e la terapia delle patologie addominali e dei trapianti addominali. Direttore Salvatore Gruttadauria
• Dipartimento di Chirurgia pediatrica addominale e trapianti ( chirurgia pediatrica, epatologia pediatria). Direttore Jean de Ville de Goyet
• Dipartimento per la diagnosi e la terapia delle patologie cardiache e trapianto di cuore (cardiochirurgia, cardiologia dello scompenso, cardiologia interventistica) Direttore Michele Pilato
• Dipartimento per la diagnosi e la terapia delle patologie toracico-polmonari e trapianto di polmone (chirurgia toracica  pneumologia, endoscopia diagnostica ed interventistica): Alessandro Bertani